2006年中华医学科技奖获奖项目评出7个项目获一等奖，二等奖25项，三等奖48项。
2006年中华医学科技奖已按照《中华医学科技奖励条例》规定的程序评出。“免疫应答调控的细胞与分子机制研究”等7个项目获中华医学科技奖一等奖：“炎症免疫及血流动力学因素在动脉粥样硬化发生中的机制研究”等25个项目为二等奖：“基因芯片技术平台的建立及其在表达谱研究与病原检测中的应用”等48个项目为三等奖。
获得一等奖的7个项目及主要研究单位分别是：
□免疫应答调控的细胞与分子机制研究 中国人民解放军第二军医大学基础部；
□多发性家族性毛发上皮瘤的遗传学研究 安徽医科大学等；
□电烧伤损伤范围的判断和多种毁损组织重建的临床研究 中国人民解放军总医院第一附属医院；
□全国主要HIV毒株的基因变异和流行特征研究及数据库建立 中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心等；
□帕金森病、痴呆的临床、流行病学和病因研究 中国医学科学院北京协和医院等；
□呼吸支持技术的临床应用研究 首都医科大学附属北京朝阳医院等；
□重症急性胰腺炎的基础和临床研究——病情加重因素及脑功能障碍并发症的研究 上海交通大学医学院附属瑞金医院
