高滴度的抗U1-nRNP抗体是混合性结缔组织病（MCTD，夏普综合征）的标志，阳性率为95-100％，抗体滴度与疾病活动性相关。在30-40％的系统性红斑狼疮患者中也可检出抗U1-nRNP抗体，但几乎总伴有抗Sm抗体。
抗Sm抗体是系统性红斑狼疮的特异性抗体，与抗dsDNA抗体一起，是系统性红斑狼疮的诊断指标，但阳性率仅为5-10％。
抗SS-A抗体与各类自身免疫性疾病相关，最常见于干燥综合征（40-80％）、也见于系统性红斑狼疮（30-40％）和原发性胆汁性肝硬化（20％）中，偶见于慢性活动性肝炎。此外，在100％的新生儿红斑狼疮中可出现抗SS-A抗体。该抗体可经胎盘传给胎儿引起炎症反应和新生儿先天性心脏传导阻滞。抗SS-B抗体几乎仅见于干燥综合征（40-80％）和系统性红斑狼疮（10-20％）的女性患者中，男女比例为1:29。在干燥综合征中抗SS-A抗体和抗SS-B抗体常同时出现。抗Scl-70抗体见于25-75％的进行性系统性硬化症（弥散型）患者中，因实验方法和疾病活动性而异（Scl=硬化症）。在局限型硬化症中不出现。抗Jo-1抗体见于多肌炎，阳性率为25-35％。常与合并肺间质纤维化相关。抗着丝点抗体与局限型进行性系统性硬化症（CREST综合征：钙质沉着、Raynaud’s病、食管功能障碍、指硬皮病、远端血管扩张）有关，阳性率为70-90%。在原发性胆汁性肝硬化的患者中也有10－30%阳性率。雷诺氏综合征也可检测该抗体。抗dsDNA抗体是系统性红斑狼疮的指标性抗体，阳性率为30-90%。抗体滴度与疾病活动度存在相关性。抗核小体抗体在系统性红斑狼疮患者血清中阳性率为40-90%，特异性>98%。核小体是细胞染色质中的一种成分，由DNA和组蛋白以特殊的方式相连而组成的。抗核小体抗体比抗dsDNA抗体、抗组蛋白抗体更早出现于系统性红斑狼疮的早期，在系统性红斑狼疮的诱导和致病中有重要作用。临床资料显示，在抗dsDNA抗体阴性的SLE患者中，有15－19％为抗核小体抗体阳性。因此联合检测抗dsDNA及核小体抗体可提高SLE血清学诊断率。
抗一种或几种组蛋白抗体或抗H2A-H2B复合物抗体在药物（普鲁卡因胺、肼酞嗪以及其它药物）诱导的红斑狼疮中比较常见（阳性率为95%）。另外，在30-70%的系统性红斑狼疮和15-50%的类风湿性关节炎患者中也可检出抗组蛋白抗体。抗核糖体P蛋白抗体（ARPA）是系统性红斑狼疮的特异性标志。有些学者认为SLE的活动性与ARPA的滴度具有相关性，还可能与对于有中枢神经系统症状、肾炎或肝炎相关。
R0-52：在SLE，干燥综合征的敏感性为100％，但其无器官特异性，在肌炎，硬皮病及其它风湿性疾病中可检出。
