细菌性阴道病（BV）的病原体主要认为是阴道加特纳菌、人型支原体及厌氧菌，如类杆菌、胨链球菌等共同作用的结果。
细菌性阴道病是一组细菌共同作用的结果，主要是加特纳杆菌和一些厌氧菌。加特纳杆菌的大小为0.3um-0.2um，革兰染色阴性，为球菌样小杆菌，两端呈圆形，无荚膜，无鞭毛。另外一些厌氧菌如类杆菌、胨链球菌等，它们是一些革兰阴性或革兰变异弧菌。两端尖细，单个或成双如海鸥翅状。
正常健康的妇女阴道内有许多菌群，包括乳酸杆菌在内至少有37种，它们相互制约，和平共处。正常妇女阴道内乳酸杆菌占95％，在细菌性阴道病的妇女阴道内乳酸杆菌明显减少或消失，而加特纳菌和某些厌氧菌，如类杆菌、动弯杆菌比常人显著增加。加特纳菌和厌氧菌在正常的阴道内有时也可少量发现。一般来说乳酸杆菌在健康妇女阴道内占统治地位，它们可产生过氧化氢，杀死厌氧菌，不让它们过度繁殖。一旦机体内分泌功能或免疫功能发生改变，再加上性关系紊乱或性生活过度，阴道内的环境发生了变化，厌氧菌大量繁殖，可增加到正常时的1，000倍-l0万倍，这样就抑制了乳酸杆菌的生长，由于能产生过氧化氢杀死厌氧菌的乳酸杆菌减少，于是加特纳菌和厌氧菌更加蠢蠢欲动，大肆繁殖，统治了整个阴道。这样的恶性循环周而复始地进行，就产生了病态。厌氧菌的大量增生可产生丙酸盐、丁盐和大量胺类，后者包括尸胺和腐胺，这种胺类具有烂鱼虾样腥臭味，令人恶心。
