当前，我国卫生系统正面临着严重的信任危机，表现为卫生总费用急剧增长；高新技术无序发展超越了医保和人民的经济承受能力；医疗腐败导致公众对医疗卫生系统信任度降低。
这些问题发生的根源是制度的缺陷，而政府治理和监管的不足是其中的关键。
由于医疗卫生服务的特点，特别是政府提供的公共产品和准公共产品，市场自身是不可能来投资和配置资源的。但在我国当前的城乡医疗保障的体制下，“医、患、保”三方均存在着严重的信息不对称，这种三方“市场失灵”的现象就需要政府发挥管制的作用。医患之间的信息不对称，是造成医疗市场失灵的主要原因。
由于医方对诊治疾病的信息远大于患方，医生的职业道德、伦理观、诚信以及对患者的尊重等，都在医患关系中处于主导地位。医院和医生容易受利益的驱动，促使诱导需求，提供过度医疗服务，导致医疗费用出现不合理增长。
因此，在卫生改革的过程中，需要政府对“医、患、保”三方不断进行管制。政府既要制定政策，不断地进行监测和评价，也需对卫生资源投入、卫生系统的绩效和居民的健康状况进行管制。由于医疗卫生服务具有公益性和社会的功能，政府对管制的认识应该是“管办分离、政事分开、分类管理”。政府部门将从“办卫生”转变为运用经济、法律和行政等手段来“管卫生”，加强卫生事业发展的战略研究和规划编制，建立高效的监督管理体制。
具体来说，政府可以采取不同的“管制”方式，如应用监督、契约、信息、规制及其他不同的方法管理卫生事业和卫生机构，可使用最强有力的直接监督手段，也可使用最弱的提供信息的手段。
政府管制职能的具体表现，是为防止市场失灵，如监督“医、患、保”三方信息的公开和透明、卫生服务市场的监管、促进卫生服务的公平性、可持续性筹资机制和公共卫生补贴政策的建立等。而现代的政府管制，则更注重在健康结果及其中间卫生服务指标的产出上。
在新农合管理过程中，政府加强了对资金封闭运行的管制，补偿信息的公开、公正和透明，确保了合作医疗管理的成功。但在新农合的运行中，卫生部门仍存在“管办不分”的现象。财政部门对中西部贫困地区新农合的转移支付，是按照参合人头数补助的，而补助水平“一刀切”，没有根据当地经济水平、居民的健康状况，进行有差别的补助。
医疗服务和药品价格的管制更是人们所关心的问题，如何使药品降价后，确保百姓能够得到实惠，正是需要卫生部门进行监督和评价的。
政府的管制同样也有失灵的情况，问题是如何将政府的管制失灵降到最小的程度。政府在卫生领域中的管制作用，应表现在制定有关政策和法律，负责区域卫生的规划，以及公共卫生和健康项目的执行。
政策的制定要“以人为本”，要有及时性。因为，延误政策出台的“窗口”期，更会造成改革方向不明，使卫生事业发展受损失。
政府的管制失灵是多方面原因造成的。如缺乏完全准确的信息，没有形成科学的决策，没有充分的管理权限，对卫生服务管制的理论基础缺乏认识等。现代经济学理论从保护公众利益出发，认为需要政府采取公共管制手段，以防止市场失灵。应该把政府的管制问题放在当前卫生改革的议程上，探索构建一个具有效率、公平，具有社会主义市场经济特色的中国卫生制度。
政府的管制失灵，还表现在政府各部委对卫生部门管制的目标和手段，持有不同的态度。如降低药品费用，是走转变医院补偿机制的道路呢，还是采取 “医药分离”？哪一种方案更能使百姓受益？新农合的管理重点是放在资金的到位和平衡上，还是应该尽可能使农民更多的受益？加强新农合的“管办分离”，是进一步提高原有卫生部门管理机构的效率呢，还是委托商业保险公司来经营具有初步“社保”性质的农民互助合作医疗制度？
传统的政府管制着重在管制卫生资源的投入和卫生服务过程的各个环节，如资源投入的数量和分配，服务的效率和质量。而现代的政府管制注重在健康结果的产出上。如怎样通过对医疗服务和医疗保险市场管制，来提高健康的结果；怎样通过健全社区卫生服务体系，提供比较低廉和优质的服务。
政府的管制必须从多角度、多方位进行考虑，包括个人（病人，投保者）、医疗服务提供者、医疗保险机构、药品生产和流通企业，以及管制部门自身，包括政府、非政府组织、卫生监督机构，行业学会及协会等，而且对不同的对象又有不同的管制要求。因此，政府的管制是一个复杂的系统。
