公平缺失已成为我国现行医疗卫生体制表现出来的一个最大问题，大量的贫困人群得不到基本的医疗保障，看不起病已经成为一个较为普遍的问题，重构医疗资源配置体系已如箭在弦。
目前我国医疗服务的现状是按照支付能力分配医疗资源和服务，高收入阶层可以享受国际一流的医疗服务，而低收入阶层却不得不“小病扛，大病拖”。实际上，我国现有的医疗资源并不丰富，但各级医院为争抢病源而盲目投资，造成医疗资源配置失衡。
据学者对全国10省市的一些大型医疗设备的使用率做的调查评估，结果显示，核磁共振的使用率只有45％，CT的有效使用率还不到40％，其他大型医疗设备的使用率更低，只有20％到30％。绝大部分县级医院都配置了CT等大型检查设备，通过给介绍人和医生回扣的方式提高这些设备的利用率，大大增加了病人的经济负担，这种不必要的重复投资使得有限的医疗投资被浪费。
医院体制改革的目的在于建立完善的医疗服务体系，因此重构医疗资源体系已成为首要问题。
业内专家普遍认为：公立医院主要负责公共卫生义务、社会福利义务，建立完善的、覆盖广泛的社区医疗服务体系，建立医疗保险体系，真正形成体系连贯的医疗资源配置结构。国家投资要大幅度退出，即政府只直接举办部分非营利性的公立医院，主要是区域内最有实力的综合医院、教学医院，布局合理的提供基本医疗的医院（主要是社区医疗服务中心）、妇幼保健院、传染病院、精神病院、血站和急救中心。对于这些公立医院应当逐步实行低于成本价格服务，甚至完全的免费服务，其运行成本全部由国家承担。其投入主要以国家财政、医疗保险、以及国家征收市场化医院合理利润以外的盈余来实现。
在医院性质上应当将国家全资设立的公立医院以外的其余医疗机构定位为非公立医院，实行市场化管理，在管理政策上要充分考虑医疗服务的特殊性，兼顾投资人的利益和社会公共卫生发展需要。允许投资人获得一定水平的回报，对超出部分，以税收杠杆收归财政，全额投入公共卫生事业和弱势人群的医疗救助。
医院产权改革的核心问题是产权的设置，专家认为借鉴改革成功地区的经验，把其纳入法律体制将是一条有效途径。
业内认为，在产权设置方面，目前必须关注的重大问题是现有公立医院改造中的国有资产处理问题，包括无形资产的处置问题、股权设置问题、医院的性质问题。这些问题必须通过立法层面才能解决。
在这方面一些地方已经摸索出有效途径，具有借鉴性。如业内普遍评价甚高的上海市医改，2002年上海开始进行卫生投融资体制改革，其初步方案的基本框架是成立3家公司：一、原上海市国有资产经营公司，负责增量资本的投入，包括原财政卫生基本建设投入、部分财政卫生专项资金及药品收支两条线用于医院发展建设的部分资金；二、成立上海市卫生国有资产经营公司，接受市国有资产管理委员会的授权经营卫生国有资产，负责原卫生国有资产存量资本的投入；三、上述两家公司以一定的股权比例组建一个子公司，即上海市卫生投资发展公司，代表政府行使国有资产所有者职能，直接从事国有资本运作和经营。
业内专家分析：这种方式通过卫生投融资体制改革，在政府与国有医院之间设置某种以经济方式行使所有权的国有资产经营机构，以拉开二者的距离，形成政府与医院之间的“隔离层”和“缓冲带”，给医院经营者以充分的自主权，将医院的发展职能从院长转到卫投公司，使院长专心于日常经营管理和医疗服务水平的提高。政府卫生行政部门则专职行使宏观调控职能，主要通过卫生产业政策、法律、法规及必要的行政手段实行全行业管理，实现政府由“办”医院向“管”医院的模式转变，达到政事分离、政资分开的目的，最终实现管好所有权、放开经营权、行使调控权的国有资产管理新格局。
此外，在股权设置上应当鼓励各种资金投入医疗服务，但是应当对区域医疗资源配置比例和市场准入条件设定合理的标准。
