德国接种甲型H1N1流感疫苗的行动26日开始全面展开，有关部门共准备了5000万份疫苗，可供2500万人两次接种的需要。疫苗接种采取自愿的原则，迄今德国还有相当部分的公众不愿意接种甲型H1N1流感疫苗。
第一批接种疫苗的是广泛接触人群的从业人员，如医生、警察、消防人员等，而从11月中旬开始则面对所有民众。所有10岁至60岁的人都是建议接种的对象，每次注射一份剂量的疫苗。对10岁以下的孩子，一份剂量的疫苗需要分两次注射。孕妇的情况则比较特殊：虽然孕妇本身是甲型H1N1流感的高危人群，但接种疫苗是否会影响孕妇和胎儿的健康，还没有充分的医学试验数据，因此当局不正式建议孕妇接种疫苗，其个人可参考医生的建议作决定。
包括德国在内的欧洲国家目前允许使用的防甲型H1N1流感疫苗有3种，即诺华制药公司的Focetria和葛兰素制药公司的Pandemrix，这两种疫苗均含有药物佐剂，被认为注射后可能会产生某些副作用。另外一种疫苗是百特制药公司生产的Celvapan，这种疫苗不含药物佐剂，但每一份的剂量为7.5毫克，比前两种多一倍。
这两类疫苗的差异在德国还引起一个小小的风波，因有媒体传言，政府将为联邦国防军士兵和政府高级人员使用百特制药公司的疫苗，而其他人使用葛兰素制药公司的疫苗。为此，有人批评政府在疫苗注射上采取双重标准，要求默克尔总理出面澄清。
专家证实，采用含有药物佐剂的疫苗确实可能会产生某些副作用，在葛兰素制药公司的疫苗Pandemrix包装盒上已注明可能会出现10种不适症状，如头痛、乏力、肌肉疼、注射部位发红或肿胀等，另外发烧、关节疼痛也是常见症状。
德国准备了供2500万人使用的疫苗，而德国总人口超过8210万，之所以没有为每个人准备疫苗，是因为甲型H1N1流感在德国的传播态势并不像美国和墨西哥那样严重，至今只有3人死于和甲型H1N1流感有关的疾病。另外，德国人对全面接种疫苗可能产生的负面影响比较敏感，因此政府没有像美国和法国等其他国家一样为所有的公民准备疫苗。
