博士生学习年限一般为三年。
1．课程学习：入学后第一学期在校本部学习课程，在广泛奠定本学科专业知识的基础上，可同时适当安排临床训练。
2．临床技能实践：根据各学科特点进行二级或三级学科训练，本专业临床工作时间不少于一年，担任总住院或代理主治医师工作半年以上，逐步学会独立处理本学科常见病及某些疑难病，使其临床能力达到初年主治医师水平，此期间可参加临床教学工作。在第二学年（第四学期）末进行开题报告与开题考核。临床技能考核一般在第五学期进行。
3．学位论文工作：结合临床工作进行科研训练，完成一篇具有临床医学博师专业学位水平的学位论文，申请临床医学博士专业学位。论文工作时间累计一年。
