控制就是监督机构内的各项活动，以保证他们按计划进行并纠正各种重要偏差的过程。其目的是要确保各个员工都朝着既定的目标前进和发展，以及尽早把错误改正过来。
如果所有上述管理过程进行十分顺利，则不需要进行控制工作，但事实上这是不可能的。控制活动主要涉及建立控制标准、衡量执行情况和采取纠正措施来完成。
（一）建立控制标准
建立标准是实现有效控制的基础。实验室应尽可能地为各项工作建立标准，以评价工作的执行情况。由于管理者不可能对所有过程进行监督并与标准进行对照，故应挑选出一些关键的控制点，通过对他们的衡量和监督实现对全部活动的控制。如在实验室的质量管理中，建立室内质量控制标准，用标准差或变异系数检测检验的重复性是否良好。
（二）衡量执行情况
实验室管理者可以通过个人观察、统计报告、书面报告等形式收集实际工作的数据，了解和掌握工作的实际情况，并与标准进行比较，衡量实际工作与已制定标准是否存在差距。
1.个人观察没有任何其他方法能取代管理者直医学教丨育网整理接观察工作状态和与工作人员接触以了解其实际活动，因为这样可获得第一手资料，避免了可能出现的遗漏、忽略和失真。进行现场调查和观察时，应准备好调查提纲，选择恰当的时间，采取灵活多样的形式，如召开座谈会、个别访问等。
2.统计报告将日常实际工作采集到的大量数据以一定的统计方法进行加工处理后可制成多种报告。特别是引入计算机技术后，这类报告有可能得出一些深层次信息和结论，如通过每月室内质控图表不难看出实验室质量存在问题和发展趋势。从室间质评机构发回的室间质评结果不仅可以知道自己实验室的准确度，还可以了解到各类仪器性能的优劣。因此实验室管理者在进行科学管理时越来越多地依靠报表来衡量实验室的实际工作情况并由此发现存在的问题；
3.书面报告在既往管理者往往要求下级对一些工作和情况作出口头报告，随之给以口头指示。这类方式有一定的随意性，一旦出现分歧和问题，往往无法说清。现代化的实验室目前更多地采用书面报告和批复的方式，既便于存档复查，又便于弄清问题。
在实际工作中还存在一些其他类型的方法，例如抽样检查等，管理者可以灵活加以应用。在此阶段最重要的是管理者应设法保证所获取的信息具有准确性、及时性、可靠性和适用性。
（三）纠正行动
控制过程的最后一项工作是采取纠正行动。最常用的是除外控制（control by ex-deption），也就是纠正由标准与实际工作成效的差距产生的偏差。纠正偏差的方法有两种：要么改进工作，要么修改标准。
1.改进工作：这是最常用的方法。首先应分析问题所在和偏差产生的原因，然后采取相应的行动，如改变检测方法、变动实验室内部结构、改变人力资源分配等。
2.修订标准：在少数情况下，偏差是由于标准制定不合适引起。例如不对具体检验项目进行分析，就将Wesgard所有质控规则应用于检测项目的室内质控工作中，其结果必然是引起假失控现象的出现，令工作人员无法操作和遵守。此时管理者就应适时修改标准。过高的实现不了的标准会影响检验人员的士气，而过低的标准会引起检验人员的懈怠。但是修订标准时必须慎之又慎，因为它的影响面较大。
采取管理行动或者纠正偏差是控制过程的最后环节，也是其他管理工作与控制过程的连接点。管理人员可以通过实验室信息系统（Laboratory Information System）来协助实验室的有效管理。
