尿沉渣分析仪的临床应用主要有五个方面。
1.红细胞：尿沉渣红细胞数量可帮助血尿有关疾病的诊断和鉴别诊断，如肾炎、膀胱炎、肾结核、肾结石等；通过动态观察这类患者尿红细胞数量的变化，可以确定患者的治疗效果和判断预后。尿沉渣分析仪提供的红细胞形态相关信息，对鉴别血尿来源具有一定的过筛作用。
2.白细胞与细菌：尿沉渣白细胞数量可协助诊断和鉴别诊断泌尿系统的感染、膀胱炎、结核、肿瘤等疾病；动态观察患者尿白细胞数量的变化，有助于确定患者的治疗效果和预后。泌尿系感染时，患者尿液中除了有白细胞数量上的增高，常同时存在细菌。因此，白细胞、细菌组合检查对泌尿系感染的诊断有着重要意义。
尿液白细胞可以多种形态存在，当其存活时，白细胞呈现出前向散射光强和前向荧光弱；而当其受损或死亡时，呈现前向散射光弱和前向荧光强。因此，可通过仪器提供的白细胞平均前向散射强度（WBC-MFl）指标，对尿液中白细胞的状态有所了解。如果WBC>10/μl，且Fsc强而Fl弱，多为急性泌尿系感染：若WBC≥10μl，低Fsc和高FL，则提示慢性泌尿系感染。仪器可定量报告细菌数量，但不能鉴别细菌种类，如果需要进一步明确感染为何种细菌，还需做细菌医学教育网整理培养和鉴定。
3.上皮细胞：尿沉渣分析仪能给出上皮细胞的定量结果，并标记出是否含有小圆上皮细胞，但是由于仪器所标识的小圆上皮细胞是指细胞大小与白细胞相似或略大、形态较圆的上皮细胞，并不能准确区分肾小管上皮细胞、中层或底层移行上皮细胞，因此，当上皮细胞数量明显增多时，须用显微镜检查尿沉渣进行准确分类。
4.管形：正常尿液中，可见极少量的透明管形。管形对诊断肾脏实质性病变有重要价值。由于管形的种类较多，且形态特点各不相同，仪器只能区分出透明管形和病理管形。因此，当仪器标明出现病理管形时，须迸一步用显微镜检查尿沉渣进行准确分类。
5.其他：流式细胞术尿沉渣分析仪，还能标记类酵母细胞（YLC）、结晶（X′-TAl。）和精子（SPERM）。结晶的种类较多，其分布区域可能与红细胞有所重叠，如尿酸盐，但因结医学教育网整理晶的中心分布不稳定，仪器可据此将它与红细胞区分。当仪器提示有酵母细胞、精子细胞和结晶时，均应离心镜检。电导率反映尿中粒子的电荷，仅代表总粒子中带电荷的部分即电解质，与反映尿液中粒子总数量的尿渗量既有关系又有差别。如患者尿液电导率长期偏高，表明尿液中存在大量易形成结石的电解质，应警惕发生结石的可能。
