1．病原检查
在寄生虫感染中，检查出寄生虫病原体是确诊的依据。根据临床诊断提供的线索，通过标本的采集、处理、检验、分析等，做出明确结论，为临床治疗和流行病学调查提供可靠的依据。根据寄生虫的种类、在人体的发育阶段和寄生部位的不同可采集相应的标本（粪便、血液、阴道分泌物、尿液、痰液、组织活检或骨髓穿刺等），采取不同的检查方法。对于肉眼可见的大部分蠕虫和节肢动物，根据其标本来源和形态特征可作出初步判断，如粪便中的蛔虫、蛲虫、绦虫节片、组织中的蝇蛆等；对于原虫等肉眼无法见到的小型寄生虫，如阿米巴原虫、阴道毛滴虫、疟原虫、各种蠕虫的卵、疥螨、蠕形螨等则须借助显微镜观察。病原体检查的质量取决于检验医生的责任感和对寄生虫的形态、生活史、致病等基本知识和基本技能的掌握程度。
2．免疫学检查
有些寄生虫病难以根据症状或体征及病原检查作出诊断，此时需采取免疫学方法辅助诊断。在感染早期、轻度感染、单性感染（仅有雄虫）、隐性感染或由于特殊的寄生部位而使病原检查十分困难以及在流行病学研究中，免疫诊断具有突出的优点。所用的抗原包括同种抗原、生活史某期特异性抗原或基因工程抗原。根据反应原理分为皮内反应和血清学试验（沉淀反应，凝集反应和标记反应）。检测物质包括特异性抗体、循环抗原、免疫复合物。近年来也有学者检测细胞因子以了解机体的免疫状态、抗虫感染的免疫机制或作为疗效评价的参考。此外，嗜酸性粒细胞计数和嗜碱性粒细胞脱颗粒试验也可用于蠕虫感染的辅助诊断。上世纪70 年代以来，免疫学及免疫学技术取得了长足的进展。近年发展起来的蛋白质芯片技术可望为寄生虫感染的免疫诊断带来又一技术突破。免疫诊断方法应具有高度的特异性（specificity）、敏感性（sensitivity） 和可重复性（reproducibility），同时应具有简便、经济、快速且便于基层社区实验室操作等优点。此外，理想的免疫学诊断还应具有能够判别现症感染、估计感染度和疗效考核的价值。
3．分子诊断
检测的靶物质为寄生虫基因组中特异性的DNA片段。例如根据碱基互补原理可设计并标记DNA 探针（probe）进行原位杂交（in situ hybridization）；也可设计合成引物进行聚合酶链反应（polymerase chain reaction，PCR），扩增样本中微量的DNA片段。将免疫检测技术与基因扩增技术嫁接而创立的PCR－ELISA ，用于疟原虫的检测，最低可测阈值为0.001％的原虫密度。本世纪之交发展起来的DNA 微阵列（DNA microarray），或称DNA芯片（DNAchips）技术通过高通量、自动化的DNA 杂交检测，可在一张芯片上同时检测成千上万个DNA 片段，将为包括寄生虫病在内的感染性疾病和遗传性疾病的基因诊断带来一场革命。理论上， 检测某种寄生虫的特异性DNA片段与检测虫体具有同样的诊断价值。