美国普渡大学（PurdueUniversity）分部的专家们认为，部分或全部淹没在洪水中或者接触过洪水的蔬菜和水果可能受到了微生物的感染，不能再当作新鲜的产品出售或消费。
这位专家还说，带有洪水残留物的非食用花卉和其他花卉作物在出售之前应进行清洗和消毒。
这取决于蔬菜作物的生长期，普渡大学分部蔬菜作物专家伊丽莎白-梅纳德说，美国食品与药品管理局禁止蔬菜生产商出售这些作物。无论如何，吃那些在洪水中淹过或溅到过洪水的果蔬存在极大的健康风险，她说。
梅纳德说：“被病菌或化学物质污染过的食用作物吃下去会有危险。”“这些作物收获以后不得当作新鲜产品进行出售。这对于果蔬生产商来说可不是个令人愉快的好消息。
按照总部位于普渡的印第安那州农业统计局（IASS）的说法，2006年，印第安那州出产了价值大约1亿3千6百万美元的蔬菜，是2007年美国的西红柿生产加工、香瓜，西瓜和食荚菜豆加工、黄瓜腌制以及蓝莓产量最大的十个州之一。IASS报告说，2006年，印第安那州的果蔬作物的生产价值已经超过1.115亿美元。
如果菜蔬和水果作物已经受到过表面污染，生产商则无法再将这些受淹的产品当成新鲜的出售，因为微生物很有可能已经进入了植物组织，梅纳德说。
她还说，“其实也不可能有什么合适的喷雾剂来减少污染的危险，既能保护作物又不会对土壤造成影响。”“任何消毒杀菌剂遇到土壤中的有机物质都会失效的。靠清洗的办法是无法消除病菌的，因此，我们建议生产商丢了那些受影响的作物或将它们埋入土中的办法来规避风险。”
梅纳德说，被疑淹过的新鲜作物其风险因其各自的生长阶段而有所不同。梅纳德和EISC公司下属的创新食品科技中心的同事莎丽-普琳登对这些阶段与风险进行了以下描述：
蔬菜或水果的可食部分露出水面——风险很高。FDA认为这种作物属掺假产品，不得出售用于消费。
作物虽已经露出水面但可食部分并未露出——高风险。植物中以及土壤中可能存在微生物，会在洪水退去之后对作物造成间接污染。
作物已经种植但未露出水面——高风险，其理由同露出水面的作物。
作物未种植——中度风险。污染过的土壤所带来的风险可能如同用非混合肥处理过的土壤一样高。为了降低风险，洪水退去之后至少120天不要进行种植。
普渡大学分部的商业果树专家彼得-赫斯特称，水果种植者不应该认为他们的作物可免于污染，即便果实是结在树上的。
“不出售或不食用淹过水的果园内生长的任何水果可能更为安全，无论果实与洪水接触过与否，”赫斯特说。
普渡大学分部的商业园艺专家罗伯托-洛佩兹认为，对于淹过洪水的花卉与装饰性植物，种植者可以使用园艺专用的润湿剂或低度的表面活性剂来去除残留物。
“这样只能去除一些而已，无法去除全部的残留物，”洛佩兹说。“植物得区别对待，并测试有没有危害植物的毒素存在。最重要的是，你不要忘了，目前没有哪项研究表明，润湿剂或表面活性剂对于这个目的是行之有效的。
普渡大学分部的植物病理学家贾纳-贝克曼称，其他的清洁方法还包括使用杀虫肥皂（其产品标签注明用于植物）。
“用肥皂来处理植物，然后再等几分钟让它们分解这些残留物，”贝克曼解释说。“再用喷雾的方法来清洗。因为这种方法比较耗费劳力，因此可能只对某些昂贵的植物比较适合。”
2005年，印第安那州温室种植者生产了价值超过6千万美元的植物。
