肺炎衣原体被认为是肺炎、支气管炎及其它呼吸道感染的常见病因；牛衣原体仅存在于牛和羊；鹦鹉热衣原体可引起鹦鹉热，是人类吸入受感染的鸟的排泄物的干燥尘粒而感染，发病时常有高烧、头痛、肌肉痛、寒战和上下呼吸道不适，部分患者可并发脑炎、心肌炎、或血栓性静脉炎。沙眼衣原体除可导致沙眼外，还是公认的性传播疾病的传染原之一。在非淋菌性尿道炎中，几乎一半是由沙眼衣原体传染造成的。它还可以引起尿道综合征和性病性淋巴肉芽肿、男性尿道炎、附睾炎、女性不育、子宫颈炎、盆腔炎等。新生儿通过产道感染可引起新生儿眼炎或新生儿肺炎。沙眼衣原体还可引起成人肺炎，对孕妇危害也较大，可造成宫外孕、流产、死胎、绒毛膜羊膜炎、早产等。
世界卫生组织在有关报告中指出：沙眼衣原体感染会使病人发炎的机会大大增加，因而也增加了传染上艾滋病病毒（HIV）的机会。沙眼衣原体会令伤口发炎，病菌从伤口传播的机会大大提高。故世界卫生组织倡导控制这类疾病从而减少和控制艾滋病的传播。