重庆市在推行新型农村合作医疗试点工作中，有20多名卫生院院长因违规骗取合作医疗基金、侵害参合农民的利益等，被卫生行政部门撤职。
重庆市自2003年开始进行新型农村合作医疗试点，目前有17个区县的750多万农民参加新型农村合作医疗，其中80.49％的参合农民受益，去年新型农村合作医疗医疗费也出现下降趋势。
据统计，全市共有603家乡镇卫生院是新型农村合作医疗定点医疗机构，开展试点以来，主管部门共撤换了20多名出现违规行为的卫生院院长，并处理了50多名相关的医疗机构工作人员，这些违规的医疗机构还被处以罚款。
重庆市卫生局农村卫生处介绍，全市新型农村合作医疗试点工作已建立起较为完善的监督与评估机制，确保基金安全和参合农民的权益。管理机构每年要根据资金使用评价体系和目标责任考核制进行专项检查和考核，并以信息管理系统为核心、利用现代信息技术手段对定点医疗机构的检查治疗和门诊处方进行审核。除了专家技术指导组常年开展监督指导工作外，还实行了异地审核、联合监督等，此外，许多区县组织人大代表、政协委员、卫生监督员和农民代表组成联合监督组，不定期进行监督检查，并对群众投诉实行限时办理。
