对于“小医院、大腐败”现象，卫生部医政原司司长于宗河说：“这不是一个医院的事，是机制上的问题。”
于宗河说，之前进行的医改其中一个重要内容就是让医院自负盈亏，自主创收。小型医院仅靠为患者看病无法从中赚取多少利益，“以药养医”也就不足为奇了。“这是医院的公益属性与市场化生存方式发生严重分裂造成的。”
医疗卫生事业是“准公共品”，具有公益性。在医改之初却并没有及时建立起有利于医院改革与发展的筹资机制，从而使医院生存环境恶化，陷入无序竞争。“药品是一个特殊的商品，从出厂到卖到患者手中却有重重环节。这样的商业运作就给‘腐败 ’留有了很大的空间。”于宗河介绍。
卫生行政部门的监管缺位也使“医疗腐败”有可乘之机。
据于宗河介绍，我国1996年曾尝试引进法国医疗监管制度，让药品和医疗器械销售人员只负责宣传，不和经济利益挂钩。但这套机制最终没有获得通过。
记者还了解到，在司法实践中，以受贿罪对医生收受“药品回扣”行为进行处罚的，目前还没有判例。“应对有关法律进行修订或出台有关法律解释，将违规收‘红包’、‘药品回扣’的行为直接规定为犯罪。”
医疗机构作为药品流通的末端环节，已经形成“医药不分家”的局面。由于医生处方的权威性，医生的选择基本上转变为患者的消费。医生选择何种药品，对医院、医药经销商的利益都有直接影响，一些医院也对医药回扣“睁一只眼，闭一只眼”。
中国卫生法学会主任吴崇其说：“实行医药分离，是目前世界上最为先进的医疗制度。医药真正分离后，用什么药、利润是多少，与医生个人利益毫无关系。切断了医生和药品销售人员之间的利益联系渠道，就从根本上杜绝了医生开大处方、拿药品回扣的情况。”
“恶性竞争，也催生了‘医疗腐败’。全国有4000多家药品生产企业，8000多家药品批发企业，还有12万家药品零售企业。这些企业的成本都不是政府支付的，都需要通过‘经营、收费、加价’来维持。为让药品进入医疗机构并开到患者手中去，一些企业千方百计公关，采用送回扣的方式非法促销、不正当竞争。”吴崇其说。
在小型医院医生的劳动价值得不到合理体现，劳动价值和价格差距过大，劳动报酬不高，在医生中形成补偿心理，也是引发“医疗腐败”的原因之一。
