此次非典型肺炎的临床表现与以往不同的是，首先病人发热（>38℃）、干咳、头痛和全身酸痛、乏力，干咳、少痰，并没有一般流感的流涕、咽痛等症状，也没有通常感冒常见的白色或黄色痰液，偶有病人痰中带血丝，病人出现呼吸急促的现象，个别病人出现呼吸窘迫综合症。
一般情况下，患者发烧时白细胞会升高，而此次非典型肺炎病人白细胞正常或下降。
值得一提的是X光胸片特点与临床状况分离，一般的肺炎先有很重的临床表现，后在X光胸片上可以看到肺部有阴影变化；但此次则是在临床症状还不严重时，X光片中已显示病人肺部有絮状阴影，并呈快速发展趋势；通常高烧患者应用抗生素都会有明显效果，但此病用抗生素大多无效。
非典型肺炎的潜伏期约为4-10日。
