创新能力低、申请数量少、非职务申请比例高、申请国外专利少等，是我国中草药专利申请中存在的突出问题。这是国家知识产权局专利局化学部部长张清奎最近在一次会议上提出的。
据张清奎介绍，在国际中草药市场上，日本和韩国的产品占了绝大多数市场份额，而其原料的70％～80％来自我国，我国现有的4000余种制剂，所占国际市场份额仅为3％～5％。
同时，全国每1万家医药企业的专利申请数量约为19.68件，多数中药企业还没有专利申请；另外，非职务申请比例高，据统计，全国医药专利的65％为非职务申请，其中中药领域的非职务申请更是高达78％；而在国外的医药专利申请中，非职务申请一般不超过5％。2003年，我国国内发明专利申请共计56769件，其中国际专利申请数为1165件，仅占2％，而中药国际专利申请数仅占国内专利申请的0.6％。
张清奎指出，造成这些问题的原因有：企业只重视销售、商标和广告的投入，而忽视了研发和专利；一些企业盲目认为行政保护或技术保密可以代替专利保护；科技人员只重视发表论文，忽视专利申请。
