医药物流信息化以信息技术的应用为重要标志，实现信息标准化和数据库管理、信息传递和信息收集电子化、业务流程电子化。医药物流信息化使物流系统反应敏捷、效率提高、整体效益明显，但由于信息管理对象的局限性，难以实现物流系统智能化的目标。如何突破信息管理对象的限制？就必须在医药物流信息化的过程中，注意平衡运用几个功能。
整合物流功能
物流系统是由运输、储存、包装、装卸、搬运、加工、配送等多个作业环节构成的，这些环节相互联系形成物流系统整体。在物流信息化之前，即使从观念上考虑了系统整体优化，但由于信息管理手段落后，信息传递速度慢、准确性差，而且缺乏共享性，使得各功能之间的衔接不协调或相互脱节。运输规模与库存成本之间的矛盾、配送成本与顾客服务水平之间的矛盾、中转运输与装卸搬运之间的矛盾等，都是现代物流系统经常需要平衡的问题。解决这些矛盾，需要利用现代信息技术对上述物流环节进行功能整合，联合运输、共同配送、加工配送一体化等都是物流功能整合的有效形式。
制止暗箱操作
按发达国家典型电子交易模式建立买方主导的电子采购系统，其目标是实现医院药品的全面上网交易，从而提高采购效率，降低采购成本，加强药品管理。
减少牛鞭效应
物流信息化通过物流信息网络，使物流各环节上的成员能实现信息的实时共享。处在销售终端的零售商直接面对消费者他们充分了解消费者的需求能详尽地纪录客户的信息制造商与分销商借助物流信息网络几乎可以同时共享零售商所获取的市场信息以及零售商的经营状况从而迅速调整各自的生产和运营计划；同样，物流信息网络也使制造商的产品调整和销售政策能及时被其他物流成员了解，也有利于他们及时调整经营策略。在这种物流信息实时反应的网络条件下物流各环节成员能够相互支持，互相配合，以适应激烈竞争的市场环境。牛鞭效应就是由于缺乏集中控制的信息，使得在供应链较长的情况下，生产与最终需求之间差异增大。通过信息的集中控制和信息共享，可以减少随机性和缩短提前期，从而减少牛鞭效应。
改善时空效应
时间效应和空间效应是物流系统的两个主要功能。时间效应指通过商品库存消除商品生产与消耗在时间上的矛盾，使生产与消耗在时间空间上达到一致；空间效应指通过运输、配送等活动消除商品生产与消耗在空间位置上的矛盾，达到生产与消耗位置空间上的一致。物流信息化通过快速、准确地传递物流信息，使生产厂商和物流提供商能随时掌握商品需求者的需求状况，生产厂商实行准时制（Just In Time）生产，物流提供商实行准时制（Just In Time）配送，将生产地和流通过程中的库存减少到最低程度，供应商与生产厂商或消费者之间的距离被拉近，甚至达到“零库存”或“零距离”，由此降低物流费用。
快速反应能力
现代生产系统是以定单为依据，即采用定制化生产方式，以满足消费者的个性化需求。而且，满足消费者的个性化需求必须快速反应，这是消费者的要求，也是生产者降低成本、形成竞争优势的需要。生产系统的快速反应必然要求物流系统的反应速度与之匹配。
