藏医药是民族传统医药业的瑰宝，也是青藏高原的优势产业。近年来，藏药业发展迅速，尤其是在青海与西藏两省区，已经形成了一定的规模。但是，也有专家忧虑，藏药业的过快发展，会给青藏高原的生态环境带来沉重打击，很有可能导致部分药用自然资源的灭绝。
几年前就有生态专家愤怒地斥责藏药业的快速发展，认为其导致了大规模的乱采乱挖。专家特别指出，在藏药业发展最具规模的青藏高原，乱采滥挖使得生态环境迅速恶化，这种观点无疑给藏药业的发展带来了一定的负面影响。青海省食品药品监督管理局的资料显示，从20世纪50年代开始，青海省藏药材资源特别是地道药材收购量逐年上升，而药材产区却不断缩小，产量逐年下降。青海藏药材年需求量在2000至2500吨之间，但年收购量不足1000吨。有的药材，如藏茵陈，因产量大大减少，根本无法满足需求，不得不从省外收购，有些甚至要从尼泊尔进口。
但是，也有人持不同观点。青海晶珠藏药高新技术产业集团董事长李瑞方说，“藏药厂建多了，资源枯竭了”，这种说法是片面的。药材没人用就没人采，没人采就是草，没人用就没人种。事实上现在大量的药材是没市场、被积压。
一些业内人士对于李瑞方的观点持赞同态度，他们认为现在已经有很多药用资源可以用人工方式培育、种植，完全能够保证生产需要。之所以从外地进口，是因为青藏高原的藏药种植还存在两个方面的问题：一是规模太小而且零碎，无法满足需要；二是分散的种植户与企业之间的信息不畅，无法及时收购。
目前，藏药企业都十分重视建立自己的藏药材种植基地。GAP种植基地的培育，既是企业可持续发展方面的考虑，同时也是企业产业链延伸的一个表现。在把握原材料可控性的前提下，对青海的藏药资源进行深度开发，从源头抓起，可使野外采集保证不了质量和数量的劣势被科技含量高的规模化种植所取代。
很多业内人士认为，藏药业的长远发展本身就要求突破自然资源的制约，基地建立也是符合企业自身利益的，因而他们认为将藏药业发展与“生态环境破坏论”联系在一起是不合适的，会给这一产业的发展带来严重的负面影响。
青海省社科院有关专家认为，可以把发展药材种植与退耕还林草工程相结合，将其作为后续产业，实行林、草、药套种，或与其他经济作物相结合的方式来进行。如果药材种植可以与整治荒山荒坡相结合，就不仅能够破解药材资源所面临的困境，还能够帮助退耕还林草后的农牧民增收致富，达到经济效益、生态效益和社会效益的统一。
