在《卫生部保持共产党员先进性教育活动实施方案》基础上，为了进一步加强卫生部先进性教育活动组织工作，起到上传下达、统筹协调、掌握动态、反映情况、具体指导、督促检查、加强管理等重要作用，部先进性教育活动领导小组办公室建立了“五项工作制度”和“一项工作方案”，从制度上确保卫生部先进性教育活动有序、高效、顺利开展。
一、建立卫生部先进性教育领导小组与中央督导组42组联席会议制度共同学习中央关于先进性教育活动的重要文件，领会中央精神。此项制度主要是为了接受中央督导组对我部先进行教育活动的领导和指导。主要内容是：提请督导组共同讨论、审核我部先进性教育活动中重要方案和文件，通报教育活动进展情况；沟通督促检查情况，研究讨论活动中存在的问题；研究部署下阶段重要工作；及时总结教育活动的经验，发现问题，研究措施。
联席会议原则上每阶段转段时召开1-2次。活动中如遇重大问题或紧急情况需研究、讨论或通报时，随时提请督导组同意后召开。
二、办公室主任会议制度该项制度确定了提交办公室主任会议讨论和决定的具体事项、会议程序和有关要求。主要内容是：通报教育活动的进展情况和工作情况，总结经验，研究解决存在的问题，研究需提请部领导小组审定的重大问题并提出建议。会议议题由各组提出，秘书组综合。办公室主任会议一般每周五上午召开。特殊情况随时召开。
三、文件运转制度此项制度主要规定了先进性教育活动文件的成文程序，各环节的负责部门，文件的发放流程、范围和数量，以及登记和归档工作。
制度规定由综合组统一负责全部活动文件的收发登记和归档工作，并明确了文件的收文和发文流程。
制度对文件发送的范围和数量进行了详细和明确的规定。
四、卫生部先进性教育办公室与部督导组联系制度此项制度主要是为了加强部先进性教育办公室与部派督导组的联系与沟通，及时掌握情况并向部先进性教育领导小组和中央督导组汇报。主要内容是：
由部先进性教育办公室代表部领导小组传达中央、部领导小组和中央督导组的指示，收集教育活动进展情况，研究解决活动中存在的问题，总结交流教育活动的经验，主要联系采取组长例会和每日一报要求，各督导组在每日下午4时以前向部教育办公室报告本组和派住单位的情况。
五、财务制度为了加强先进性教育活动的财务管理，节约经费支出，制定本项制度，主要规定了财务报销原则，审批程序，预算管理，报销内容，报销程序，报销发票的要求及资产管理等。要求编制预算坚持实事求是，厉行节约的原则。严格审核、严格把关。既要保证教育活动必要的经费支出，又要防止浪费。
六、宣传工作方案此项方案的制定主要是为了加强对教育活动的舆论宣传和引导，及时反映情况，沟通信息，总结推广经验，为先进性教育活动的健康发展营造良好的氛围。方案对编写教育活动简报的指导思想、主要内容和采编渠道作了明确规定，并规定对具有新闻性适应对外宣传的内容和审批程序。方案提出编印每日信息，建立先进性教育网页，以加强信息沟通的时效性。
