自2002年起，自然科学基金申请书基本采取通用的电子化表格录入方式，申请书一般由“信息简表”、 “正文报告”和“附件”等若干部分组成，不同类型项目的申请采用不同的撰写提纲，每年使用的最新版本申请书可自行到自然科学基金会网站上下载。
“信息简表”部分为计算机录入专用表格，基金项目管理系统将直接抽提有关信息，因此要求申请者按计算机文件提示在指定的位置选择并按要求输入相关信息，录入信息必须保证准确清楚。其中单位名称是指项目依托单位名称，需要按单位公章全称填写。如果申请海外青年学者合作研究基金，申请者在海外工作单位等信息使用英文全称填写在信息简表的个人信息栏目中；如果申请香港、澳门青年学者合作研究基金，申请者在香港、澳门的工作单位等信息填写在信息简表中个人信息栏目中。代码必须使用自然科学基金会当年发布的《申请项目分类目录及代码》中所列的代码。
信息简表中的经费申请表部分需要按照表中要求的科目进行经费预算，申请者填表之前应认真阅读《国家自然科学基金项目资助经费管理办法》，按相关规定和要求填表。除重大项目以外，自然科学基金项目实行定额补助式资助方式，重大项目实行成本补偿式资助方式。填表时应注意拟申请项目前期研究支出的各项费用不得列入经费申请表内。
“正文报告”部分为自由体式，由申请者按相应类别项目的撰写提纲和自然科学基金会发布的有关项目管理办法的要求认真撰写。“正文报告”统一使用计算机文件“NSFCproposal.doc”录入后与申请书其他部分一并打印输出。
“附件”部分，需要申请者根据申报的项目类型要求进行制作。附件材料一般只需要提供纸质复印件，与电子版申请书一并通过项目依托单位的科研管理部门报自然科学基金会。
以下将自然科学基金申请书简表、几种主要类型的项目申请的正文报告撰写提纲以及需要提供的附件材料及有关注意事项说明如下，供申请者参考。
