大量研究表明导致尖锐湿疣复发的因素较多，其中包括一些HPV再感染等因素。
1.尖锐湿疣损害和／或HPV未被彻底去除
尖锐湿疣损害和／或HPV未被彻底去除是造成尖锐湿疣复发的重要因素之一。有学者发现尖锐湿疣经治疗去除疣体后仍有45％的患者存在HPV潜伏感染，其中67％的患者表现复发。这表明HPV未被机体彻底清除，残留的尖锐湿疣病变是尖锐湿疣复发的原因。
2.尖锐湿疣接种感染
前面已提到在激光疗法或手术切除疗法等治疗的过程中可能将含有HPV的病变组织污染其他部位，如对尖锐湿疣病变周围或远端皮肤粘膜的接种而发生尖锐湿疣。
3.被HPV污染的物品
在尖锐湿疣的传染途径中已叙述其间接传染途径，这也可能成为尖锐湿疣复发因素之一。如患者用过的被HPV污染的毛巾等未加处理，再次接触后可造成尖锐湿疣复发。Bergeron等观察还发现被HPV污染了的内裤也是尖锐湿疣复发的原因。
4.性伴HPV感染或尖锐湿疣存在
患者的性伴有HPV感染或尖锐湿疣未彻底治疗，患者尖锐湿疣治愈后如再次与其性接触后则可引起尖锐湿疣复发。
5.特殊部位HPV存在
有些研究发现某些特殊部位的HPV感染未得到彻底治疗而成为HPV贮藏或庇护所，如女性宫颈部HPV感染、男性尿道口内HPV感染，还有资料显示男性尿液中以及卵巢、子宫、子宫内膜、前列腺等部位有HPV存在。据Rosemberg报道男性亚临床HPV感染有22％发生在阴囊处，因为人们很少注意至此区域是HPV的庇护所，所以阴囊可能是传播或造成尖锐湿疣复发的重要部位。此外，Boxman等发现在生殖器患者的阴毛和肛周毛中有HPV6型和HPVll型存在，这表明HPV内源性贮藏器在尖锐湿疣的复发中起着十分重要的作用。
6.HPV感染的亚型
有学者发现HPV感染的亚型与尖锐湿疣复发有关，如HPVl6型和HPVl8型感染较HPV6型和HPVll型感染引起的尖锐湿疣治疗后更容易复发。
7.尖锐湿疣亚临床表现
尖锐湿疣亚临床表现存在是引起尖锐湿疣及其复发的最重要的因素。Erpenbaeh等报道广泛粘膜的尖锐湿疣亚；临床表现可能引起30％-70％尖锐湿疣病例的复发。周华等用PCR技术检测发现在醋酸试验阴性非皮损区72％—HPV阳性者中有37.5％复发。
8.机体免疫系统的完整性
如前所述尖锐湿疣患者免疫系统发生变化在尖锐湿疣发生发展与消退中起着重要作用。因此，各种内外因素引起机体免疫功能下降，使机体免疫应答及调节紊乱，最终导致完整的细胞免疫系统平衡失调或缺陷是尖锐湿疣复发恶性循环中的一个重要的因素。
9.其他
引起尖锐湿疣复发的其他因素中有患者个人不良卫生习惯、男性包皮过长、女性各种外阴阴道感染以及其引起的分泌物增多造成局部的潮湿环境等。
