按照云南医药集团和中国医药工业有限公司的约定，到2007年度，改制重组后的云南医药集团将实现上百亿元销售收入，利税将成倍增长。
按照合作计划，改制重组后新公司每年投入研发的资金，应达到当年合并销售收入的3％－5％；到2007年，在云南境内建成若干个GAP基地；2007年完成新公司海外整体上市的所有准备工作，2008年实现新公司的海外上市；2009年，完成医药工业园区建设。
此次改制重组双方股权持有分别为50％。对于这种持股方式，有关部门解释，重组并不是“一锤子买卖”，到2007年度，改制重组后的云南医药集团要达到合作时提出的3个指标-销售收入120亿元，税收11亿元，净利润3.4亿元。完成承诺指标的80％可视为基本完成。双方约定，在2007年未对中国医药工业有限公司进行考核之前，未经云南方许可，中国医药工业有限公司不得将其持有新公司的部分或者全部股权用于对外质押。云南省承诺，新改制重组公司若能够完成预期的发展目标，中国医药工业有限公司能够遵守并兑现自己的承诺，届时云南省将允许中国医药工业有限公司单方增资扩股，取得绝对控股地位。
